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비교적 최근까지도 버섯을 식물로 보아 꽃을 피우지 않는 기타 식물(이끼, 양치류등)의 일원으로 '음화식물'이라고 불리웠다.
그러나 최근의 생물학에서는 생물을 동물,식물,균류(곰팡이류와 버섯류)로 나누는 경우가 많다. 균류는 동물도 식물도 아닌 제3의 생물이다.
버섯은 담자균류와 자낭균류로 나뉜다.
양자의 구별은 포자의 생식세포(담자균류에는 담자기,자낭균류에는 자낭이라 부른다)의 외측에 형성되느냐(담자균류), 내측에 형성되느냐(자낭균류)에 기준을 두고 있으며 현미경으로 관찰 할 수 있다.
대다수의 버섯은 담자균류에 속한다.
버섯을 다시크게 분류하면 담자균류의 주름버섯류, 민주름버섯류, 복균류, 목이류 와 자낭균류로 나누어 볼 수 있다.
1. 주름버섯류 (동담자균류)
우리가 일반적으로 알고 있는 버섯형태를 갖추고 있다.
버섯은 연질로 부서지기 쉽다.
자실체에는 갓과 대가 있고 갓의 밑부분에 주름이 있다.
주름의 표면에 있는 세포(담자기)의 선단에 4개의 담자포자를 형성한다.
대에는 턱받이와 대주머니가 있는 것이 있다. 이것들은 특히 광대버섯류에 많이 있다.
버섯의 구조는다음과 같다.
자실체의 외측에 덮혀 있는 막(외피막)을 뚫고 자실체가 성장한다. 이 막은 대의 밑둥에 남으면 대주머니가 되고, 갓의 표면에 남으면 인편이 되는데, 소멸되어 흔적이 남지 않는 것도 많다.
미숙성한 주름을 싸서 보호하고 있는 막(내피막)은 대에 남아 턱받이가 되는데 거미집같은 모양,갓끝에 파편으로 붙어 있는 것, 없어져 버리는 것도 있다. 이런 막이 없는 것도 많다.
 갓의 표면에는 유균의 시기에는 표면에 덮여 있던 외피막이, 인편이나 분상물 등으로 남아 있는 경우가 많다.
대의 표면은 평활하거나 줄무늬상이 많다.
내부의 조직을 보호하기 위하여 표면의 세포(균사)는 두꺼운 벽으로 되거나, 치밀하게 배열있는 등 특수화되어 있다. 거기에 더 발달하여 털상, 인편상, 분상등이 되는 경우도 있다. 갓의 표면과 같은 구조가 많다.
갓의 뒷면의 포자를 만드는 부분은 표면적을 늘리기 위하여 복잡한 형상을 하고 있는 경우가 많다. 일반적으로는 주름 또는 관공상(그물버섯류)을 하고 있다.
주름은 유생 때는 백색인 경우가 대부분이나, 포자가 성숙하여 그룹(과.속 등)에 따라 일정한 색이 되고, 따라서 주름도 색이 있는 것으로 보이게 된다.
그물버섯류들은 상처를 내면 변색하는 것이 있고, 젖버섯류는 유액을 내고, 유액이 변색하는 것도 있으며, 그물버섯류, 무당버섯, 젖버섯, 외대덧버섯류들은 쓰거나 매운 것도 있다.
버섯의 색은 땅색등 수수한 것도 있으며 붉거나 노랗게 선명한 것도 있는 등 다양하다.
또 발광하는 것도 있는데, 화경버섯이 약하게 발광한다. 버섯의 발광메카니즘은 루시페라제의 효소반응으로, 반딧불의 발광메카니즘과 동일하다.
 2. 민주름버섯류
자실체는 봉상, 나무가지상, 나팔상, 부채상, 막상등 여러가지이다.
포자는 관공, 침, 주름 등의 표면에서 만들어 진다. 평활한 표면에서 포자를 만드는 것도 있다.
담자기는 주름버섯류와 같다.
1) 꾀꼬리버섯. 싸리버섯류
버섯은 연질로 잘 부서진다.
나팔버섯, 꾀꼬리버섯 등 나팔상은 갓의 이면의 주름부분에서 포자가 만들어 진다. 국수버섯등 봉상은 표면전체에서 포자를 만든다.
싸리버섯류는 봉상에서 가늘게 분지하여 나뭇가지상, 산호상, 빗자루상으로 진화하였다. 봉상에 비해 자실체의 표면적이 늘어나 보다 많은 포자의 생성이 가능하다.
최근 유전자 분석의 발달로 인하여 같은 싸리버섯류의 버섯이래도 혈연관계가 없다는 것을 알게 되었다. 좀나무싸리버섯이 포자의 표면특징을 볼 때 무당버섯목에 속하며, 볏싸리버섯이 담자기의 핵분열양식에 의거 꾀꼬리버섯목에 속한다는 것을 알 게 되었다.
2) 구멍장이버섯류, 침버섯류
버섯은 아주 다양하며, 버섯형, 대없이 가지에 측생~백착하는 것, 수지상, 양배추상, 괴상 등이 있다
조직은 목질, 콜크질, 피혁질,육질등 딱딱하고 탄탄한 것이 많다.
고약버섯류등 반배착성 또는 배착성으로 발생하는 버섯류는 막상으로, 막상의 자실체는 포자를 만드는 면이 아직 미발달하여 평활한 원시적형태로 되어 있다.
포자를 만드는 부분의 표면적을 크게 하기 위하여 보다 복잡한 형태로 진화하여 주름, 돌기, 침상으로 변하였다.
구멍장이버섯과는 일반적으로 반원형~부채형의 갓을 횡으로 펼쳐논 모습으로 딱딱하다. 대부분이 1년생이나, 전년의 관공부밑에 새로운 관공을 형성하여 성장을 계속, 수년~십수년에 걸쳐서 거대한 자실체가 되는 종류도 있다. 목재부후력이 강한 것이 많다.
구멍장이버섯과 중에는 잎새버섯,조개껍질버섯, 좀벌집버섯 등과 같이 일반적인 구멍장이버섯과는 그 모양이 다른 것도 있다.
3. 복균류
자실체는 경단형, 주머니형으로 그 속에서 포자를 성숙시키며 성숙할 때까지 노출하지 않는다.
육질은 약하고 담자기는 주름버섯류와 같다.
형태상으로 하나의 그룹으로 분류하였으나, 분류상 관계가 먼 것들이 모인 것을 최근 연구에서 알려졌다.
말불버섯, 흰찐빵버섯, 말징버섯,먼지버섯 등은 경단형의 자실체를 만들어 그 속에서 포자를 만든다. 성숙하면 표피에 구멍이 열려, 속에 있던 포자가 바람에 날려간다. 찻잔버섯등은 자실체안쪽에 들어 있는 작은 입상의 포자괴가 빗물등에 의해 튕겨 날아 간다.
말뚝버섯류, 바구니버섯류 등은 버섯같지 않은 기묘한 모습을 하고 있다. 자실체의 선단이 기둥상, 망상, 주발상 등이며 포자를 형성하는 부분(크레바라고 함)은 악취 또는 과실냄세를 풍기는 점액이 있다. 포자는 이 점액상에 포함되어 있으며 냄세에 이끌린 파리등 곤충에 의해 포자가 퍼지게 된다.
자실체는 처음에는 구형~타원형의 탄력있는 알상으로 , 성숙하면 알의 막을 뚫고 본체가 나오게 된다.
4.목이류(이형담자균류)
 자실체는 귀형, 뇌상, 꽃잎상 등 여러 가지 이다.
육질은 젤라틴질이고 건조하면 작아지고 딱딱해 지며, 수분을 함유하면 다시 팽창하여 우무질~연골질로 된다.
담자는 자실체의 표면에 형성된다. 담자기는 몇가닥으로 나누어져, 각 선단에 포자를 형성한다.
목이는 다른 담자균류의 버섯과는 관계가 멀고, 보다 원시적인 균류이다.
5.자낭균류
자낭균류는 담자균류와 더불어 균류의 큰 그룹으로 약 3만종이 알려져 있다. 그러나 수cm이상의 자실체를 형성하는 종류는 많지 않다.
주발버섯류, 고무버섯류, 동충하초류 등이 자낭균류에 속한다.
버섯은 부서지기 쉬운 연질, 고무질, 푸석한 경질등이 있으며, 주름과 관공은 없다.
형태가 다양하여 두부와 대부가 구별되는 것, 구별이 없이 괴상,접시상, 찻잔상, 손가락상, 꽃잎상 등이 있다.
찻잔형의 버섯의 내측에 포자를 만드는 장소를 자낭반이라고 한다. 봉형의 버섯은 그표면에 무수한 매몰된 작은 병과 같은 것이 있는데 이 작은 병을 자낭각(子囊穀)이라고 한다.
이 찻잔의 내면과 작은 병의 내면을 자실층이라고 하며 그 표면에서 포자가 만들어 진다.
자실층의 내측에서 만들어 지는 자낭 속에서 8개의 자낭포자를 형성한다.
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